Τα Μυστήρια... σκεπτόμαστε γενικά γι' αυτά σε σχέση με τα αρχαία τελετουργικά μύησης της Ελλάδας και της Ρώμης, τα Ελευσίνια Μυστήρια, τα Ορφικά, τα Φρυγικά, τα Μιθραϊκά και επιπλέον τα Αιγυπτιακά, τα Θιβετιανά και άλλα. Ωστόσο, ο όρος θα μπορούσε επίσης να χρησιμοποιηθεί και για τα συγγράματα και τα διαγράμματα της αλχημείας. Αυτά έχουν αναφερθεί ως «σκοτεινά ιδιώματα». Το Rosarium philosophorum που εκδόθηκε στη Φρανκφούρτη το 1550 δήλωνε: «όποτε έχουμε μιλήσει ανοικτά, δεν έχουμε πει στην πραγματικότητα
τίποτα. Αλλά όπου έχουμε γράψει κάτι σε κωδική γλώσσα και με εικόνες, έχουμε κρύψει μέσα σ' αυτό την αλήθεια» (εκδόσεις Weinheim, 1990).
Ακούγεται διφορούμενο, αντανακλά όμως ακριβώς αυτό που έκαναν οι αλχημιστές. Δεν παρουσίασαν τίποτα ανοικτά: τίποτα που να μπορούσε να αναφερθεί και να κατανοηθεί εύκολα και απλά. Οτιδήποτε είχε τέτοια εμφάνιση έπρεπε να θεωρηθεί ύποπτο. Οι αλχημιστές κρατούσαν τα μυστικά τους ασφαλισμένα σ' ένα συνονθύλευμα κωδικών ονομάτων συνοδευόμενα από απεικονίσεις που στοίβαζαν σύμβολα πάνω από σύμβολα. Στο 'Αλχημεία & Μυστικισμός' (Alchemy & Mysticism, Taschen, Kln 1997), ο Alexander Roob αναφέρει, «διαποτίζοντάς τες με μια ξεχωριστή ιερογλυφική αύρα, οι δημιουργοί αυτών των εικόνων υπονοούσαν την πανάρχαιη ηλικία της τέχνης τους και την αναγνώριση της πηγής της γνώσης τους: τον πατριάρχη του φυσικού μυστικισμού και της αλχημείας, τον Ερμή τον Τρισμέγιστο.»
Λεγόταν ότι ο Ερμής ο Τρισμέγιστος είχε συγγράψει πολλά βιβλία αλχημικής και μαγικής γνώσης. Από αυτόν η Αλχημεία ονομάστηκε 'ερμητική' τέχνη. Ο Ερμής που ήταν μια μυθική φυσιογνωμία, είχε εξισωθεί με τον αιγυπτιακό θεό Θωθ, τον γραφέα των θεών, εφευρέτη της γραφής και προστάτη όλων των τεχνών που ήταν εξαρτημένες από τη γραφή, συμπεριλαμβανόμενης της Ιατρικής, της Αστρονομίας και της Μαγείας. Το επίθετο 'τρισμέγιστος' προέρχεται από την ελληνική γλώσσα και σημαίνει 'τρεις φορές μέγιστος'.
Οι αλχημιστές ή όπως αυτοαποκαλούνταν, οι 'φιλόσοφοι'- ξεκίνησαν αρχικά σε μέρη τόσο διαφορετικά όπως η Αίγυπτος, η Ινδία και η Κίνα. Όμως η αλχημική πρακτική άνθησε πραγματικά τον 12ο αιώνα όταν σχετικά κείμενα είχαν μεταφραστεί στα λατινικά. Ο 'Σμαραγδένιος Πίνακας' και το 'Βιβλίο του Alums' ήταν δύο ιδιαίτερα αξιοσημείωτα κείμενα. Ένα κύμα Αλχημείας πλημμύρισε την Ευρώπη κατά τη διάρκεια του Μεσαίωνα. Ακόμα και στο καθεδρικό ναό της Παναγίας των Παρισίων διασώζονται χαράγματα αλχημικών σχεδίων από τον 14ο αιώνα.
Έχει διατυπωθεί ότι το δόγμα της Αλχημείας «αναφέρεται σε μια κρυμμένη αλήθεια της υψιστης αρχής που αποτελεί την υποκείμενη ουσία όλων των αληθειών και των θρησκειών». (Stanislas Klossowski de Rola: Alchemy the Secret Art, Thames & Hudson, London 1973). Νωρίτερα, ο Pierre-Jean Fabre (Παρίσι, 1636) είχε αναφέρει ότι «η Αλχημεία είναι μια αληθινή και απτή επιστήμη που διδάσκει πώς να γνωρίζεις το κέντρο όλων των πραγμάτων, το οποίο στη θεία γλώσσα ονομάζεται το Πνεύμα της Ζωής.»
Αυτό που προσπάθησαν οι αλχημιστές να αποκτήσουν ήταν η «Φιλοσοφική Λίθος», γνωστή και ως menstruum universale. Αυτή υποτίθεται ότι ήταν μια διαλυτική ουσία τεράστιας δύναμης που μπορούσε να μετατρέψει βασικά μέταλλα σε πολύτιμα μέταλλα. Θεωρείτο επίσης ότι κατείχε τρομακτικές δυνάμεις ίασης. Ως τέτοιο, ήταν ένα ελιξίριο της ζωής, ικανό να χαρίσει την αιώνια νιότη.
Ένας από τους εξέχοντες αλχημιστές της εποχής του ήταν ο AurSlus Philippus Theophrastus Paracelsus Bombastus von Hohenheim (1490-1541), ευρύτερα γνωστός ως Παράκελσος. Τα κολοσσιαία έργα του ήταν τόσο δυσνόητα και γεμάτα από γλωσσικές δημιουργίες οι οποίες γέννησαν τον όρο 'πομπώδης' που σημαίνει 'επιτηδευμένος, φλύαρος λόγος ή γραφή'. Όπως κι αν ήταν η γραφή του, κατείχε σπουδαία γνώση που μελετήθηκε από τους ομοϊδεάτες του φιλοσόφους. Στην ηλικία των 20 ετών είχε ξεκινήσει να γνωρίζει τον κόσμο όπου και ανακάλυψε τη Μεταλλουργία, την Αλχημεία και την παράγωγή της, Χημεία. Συναντήθηκε με όλα τα σπουδαία ονόματα της Μαγείας εκείνης της εποχής και παρέμεινε αρκετά χρόνια στην Αίγυπτο και την Αραβία.
Η Αλχημεία δεν ήταν πάρεργο για ερασιτέχνες. Το κόστος των πειραματισμών ήταν αστρονομικό. Εκτός από τον κλίβανο, την καύσιμη ύλη και τα απαραίτητα συστατικά, υπήρχαν μεγάλες δαπάνες για δοκιμαστικούς σωλήνες και αποστακτήρες. Εκείνες τις μέρες το γυαλί ήταν εύθραυστο. Πολύ παχύτερο από το σημερινό γυαλί, θα θρυμματιζόταν σε εφαρμογή υψηλής θερμοκρασίας. Ο χρόνος ήταν άλλο ένα έξοδο αφού όλα τα πειράματα διαρκούσαν εβδομάδες, μήνες ή ακόμα και χρόνια. Στην πραγματικότητα η μελέτη των διαθέσιμων κειμένων μπορούσε να διαρκέσει για χρόνια. Οι αλχημιστές έπρεπε συχνά να διαβάσουν πολύ και σκληρά για να κατανοήσουν όσα παρουσιάζονταν στα κείμενα, πόσο μάλλον για να ξεκινήσουν τους πειραματισμούς.
Ένα μεγάλος αριθμός ιερέων, μοναχών και άλλων εκκλησιαστικών ανθρώπων εξάσκησαν τη συγκεκριμένη τέχνη, εφόσον διέθεταν το χρόνο να ενδώσουν σ' αυτή. Είχαν επίσης πρόσβαση στις αναγκαίες οικονομικές πηγές. Ο επίσκοπος της Ρατισβόννης, Albertus Magnus, υπήρξε αλχημιστής καθώς και ο μαθητής του Άγιος Θωμάς Ακινάτης. Ο Ιωάννης Κρέμερ, ηγούμενος του Westminster και ο Πάπας Ιωάννης XXII (και πιθανώς και άλλοι Πάπες) εξασκήθηκαν επίσης στην Αλχημεία.
Οι αλχημιστές έθεσαν ένα ανθρωπομορφικό πρόσωπο στην πρακτική τους. Για παράδειγμα, πίστευαν ότι για να δημιουργήσουν χρυσό έπρεπε να τον 'γεννήσουν'. Αυτό σήμαινε ότι έπρεπε να υπάρξει ένας σπόρος που θα αναπτυσσόταν σε μια μήτρα ή σ' ένα αβγό. Στη γέννηση το σημαντικότερο συστατικό ήταν το πνεύμα, η 'πνοή της ζωής'. Η γέννηση ήταν ουσιαστικά περισσότερο μια αναγέννηση των βασικών μετάλλων. Υπήρχε ένα μέρος για την αναγέννηση αυτή στην αρχή της διαδικασίας, η παλιγγενεσία ή αναζωογόνηση. Ο θάνατος -ένας χωρισμός- ήταν μια μακρά διαδικασία παρακμής που οδηγούσε στην αποσύνθεση. Η αποσύνθεση ήταν μια διάλυση των αντιθέτων μέσα στο 'μαύρο των μαύρων' γνωστό ως nigredo. Η εμφάνισή του ήταν η πρώτη ένδειξη για το ότι η διαδικασία όδευε προς τη σωστή κατεύθυνση.
Στην περίπλοκη συμβολολογία της Αλχημείας το κοτσύφι αντιπροσώπευε την μαυρισμένη μάζα: το nigredo. Το πέταγμα των πουλιών ήταν η εξαέρωση. Το λιοντάρι αντιπροσώπευε το οξύ, το αρσενικό ελάφι την ψυχή και ο μονόκερως το πνεύμα. Ο Ουροβόρος -το φίδι που δαγκώνει την ουρά του- συμβόλιζε την ολοκλήρωση. Ο Ήλιος και η Σελήνη αντιπροσώπευαν το χρυσό και το ασήμι. Συχνά αυτά τα δύο παρουσιάζονταν και ως ζεύγος και μερικές φορές απεικονίζονταν ως ερμαφρόδιτη μορφή: μισή αρσενικό και μισή θηλυκό.Ο θάνατος της παλιάς ουσίας απεικονιζόταν μερικές φορές με ένα πρόσωπο να εισέρχεται σ' έναν τάφο ή να βρίσκεται ξαπλωμένο σ' αυτόν.
Μία από τις συχνότερα απεικονιζόμενες φιγούρες στην αλχημική εικονογραφία ήταν το ερπετό, είτε στη μορφή του φιδιού είτε συχνότερα σε αυτή του δράκου. Αυτό αντιπροσωπεύει την ύλη στη μη αναζωογονημένη, ατελή κατάσταση. Κατά συνέπεια πρόκειται για ένα δράκο που περιμένει να σφαχτεί. Ο Γιουνγκ διαπίστωσε ότι ο δράκος είναι πιθανότατα το αρχαιότερο αλχημικό εικονογραφικό σύμβολο για το οποίο έχουμε τεκμηριωμένα στοιχεία. Ανέφερε ότι, «πολύ συχνά οι αλχημιστές επαναλαμβάνουν ότι το έργο προχωράει από το ένα οδηγώντας πίσω στο ένα: πρόκειται για ένα είδος κύκλου, σαν έναν δράκο που δαγκώνει την ουρά του. Γι' αυτό το λόγο το έργο συχνά αποκαλούνταν circulari, ή αλλιώς rota, ο τροχός» (Ψυχολογία και Αλχημεία-Psychology and Alchemy, London 1953).
Ένα ακόμη σημαντικό σύμβολο ήταν το δέντρο. Απεικονιζόταν συχνά φέροντας στα κλαδιά του πουλιά, αβγά ή δοχεία διαφόρων ειδών. Αυτά τα δοχεία μπορούσαν να περιέχουν ήλιους και φεγγάρια ή άλλα αντικείμενα. Μερικές φορές το δέντρο ήταν καλυμμένο με άνθη που στην πραγματικότητα ήταν μικροσκοπικοί ήλιοι και φεγγάρια. Η γη από την οποία το δέντρο ξεφύτρωνε ήταν η ανόργανη ουσία. Το φρούτο ήταν η πνευματική.
Η επιλογή του χρόνου ήταν πολύ σημαντική για τον αλχημιστή και χρησιμοποιούσε συνήθως την αστρολογία ως εργαλείο. Το 'Μεγάλο Έργο' θα ξεκινούσε όταν ο Ήλιος θα βρισκόταν στον Άρη και η Σελήνη στον Ταύρο. Οι ημερομηνίες για το ξεκίνημα καθενός από τα διάφορα στάδια ήταν εξίσου σημαντικές και προσκωλλημένες σε αυτήν. Η διαδικασία χωριζόταν σε δύο κύρια μέρη: στο 'ευτελές' και στο 'εξευγενισμένο'. Το πρώτο στάδιο περιλάμβανε τη συλλογή όλων των συστατικών μαζί και την κάθαρσή τους. Το δεύτερο αφορούσε στην μετατροπή τους. Ήταν στο δεύτερο μέρος, το εξευγενισμένο, όπου μερικοί αλχημιστές έκαναν τυχαίες ανακαλύψεις. Ο Geber της Μεσοποταμίας ανακάλυψε τυχαία και ανέλυσε το ερυθρό οξείδιο στις αρχές του 1300. Ο Vigenere ανακάλυψε στα τέλη του 1500 το βενζοϊκό οξύ χωρίς να αντιληφθεί τι είχε κάνει. Το 1600 ο Johann von Lowenstern Kunckel απομόνωσε τυχαία τον φώσφορο. Συνεπώς, η χημεία αναπτύχθηκε σταδιακά από την Αλχημεία.
Σύμφωνα με τα λεγόμενα του de Rola, «αυτή η εικονογραφική γλώσσα, στην οποία καμία λεπτομέρεια δεν είναι ποτέ άσκοπη, ασκεί μια βαθιά γοητεία στον ευαίσθητο παρατηρητή. Η γοητεία αυτή δεν εξαρτάται απαραίτητα ούτε από την κατανόηση. Αν ο αναγνώστης μελετήσει βαθιά αυτές τις εικόνες, εισδύοντας δηλαδή πέρα από την επιφανειακή τους μορφή, θα αντιληφθεί συχνά ότι αντιστοιχούν σε μια αιώνια διάσταση την οποία μπορούμε όλοι να ανακαλύψουμε βαθιά στους εαυτούς μας.» Αυτό ήταν κάτι που αναγνωρίστηκε από τον Καρλ Γιουνγκ ο οποίος χρησιμοποίησε αλχημικές γκραβούρες και φιλοσοφίες για να επεξηγήσει τα νοήματα των ονείρων.
